El primer error fue por los UUID en el menu.lst de grub. Se puede hacer un workaround cambiando el UUID por el archivo de particion (sdxX). La solución correcta no la conozco aún, el problema suele darse con gente que no usa initrd, pero en mi caso todo parece estar bien... hasta que se intenta arrancar.
El otro problema lo da al intentar montar la particion de home. Por defecto (/etc/mke2fs.conf) al crear una partición ext4 se usa la opción "huge_file". Pero ya que no necesito trabajar con archivos de chorrocientos gigas, tengo desactivado el soporte de "archivos grandes" en el kernel (para este tipo de cosas uso kernel personalizado). Y esto efectivamente causa problemas. Pero la solución es fácil:
# tune2fs -O -huge_file /dev/sdxXY todo listo para funcionar!
# fsck.ext4 /dev/sdxX
# mount /dev/sdxX
En cuanto encuentre una solución limpia para el primer problema lo dejaré por aquí, lo mismo le sirve a alguien :)
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